יש שתי שיטות עיקריות לאימון פילאטיס: פילאטיס מכשירים ופילאטיס מזרן. המטרות בשני סוגי האימונים זהות, וכך גם התוצאות, אך הדרך לביצוע התרגול שונה.
בפילאטיס מכשירים עובדים עם מגוון מכשירים (כמו מיטת רפורמר או מכשירי טרפז) עם קפיצים שיוצרים התנגדות ועוזרים לדייק את התנועה.
בפילאטיס מזרן, מתאמנים בישיבה או שכיבה על מזרן, כשאת ההתנגדות משיגים ממשקל הגוף או מעזרים חיצוניים כמו גומיות או גלילים.
מרכוז הוא אחד העקרונות המובילים של שיטת הפילאטיס, והכוונה היא לחיזוק החלק האמצעי של הגוף, כלומר ה-Core. חלק זה נתחם מהצלעות ועד קו הירך: כולל שרירי הבטן והגב התחתון, רצפת האגן, שרירי המותניים והעכוז.
כל אלו מרכיבים את "תחנת הכוח" (Powerhouse) של הגוף, מושג שתשמעו רבות בשיעורי פילאטיס. "תחנת הכוח" היא המחוך הפנימי של הגוף ומקור להעברת אנרגיה לשאר חלקיו. השרירים שמרכיבים את "תחנת הכוח" מספקים את היציבה והזקיפות לגוף ואת הבסיס לתנועות הגדולות שנעשות בזמן תרגול פילאטיס.
דרך תפעול נכון של שרירי המייצבים ב"תחנת הכוח", ניתן להוריד לחצים מחוליות שונות ולהביא לתנועתיות יעילה יותר של הגוף.
עוד חלק חשוב בביצוע אימון פילאטיס הוא שימת דגש על נשימה נכונה, ובעיקר נשימה צידית-אחורית (Posterior lateral breathing) שבה מרחיבים את בית החזה לצדי הצלעות ולאחור, מבלי לנפח את שרירי הבטן יתר על המידה וללא העלאת הלחץ התוך בטני.