נטורופתיה מאמינה בגירוי יכולת הריפוי הטבעית של הגוף על ידי ניקוי רעלים ו"מחסומים" נוספים בו, הגורמים לחולי. השיטה נסמכת לעיתים גם על פילוסופיית הוויטליזם - תאוריה המאמינה באנרגיית כוח החיים שאינה נובעת רק מכוחות פיזיקליים וכימיים.
עקרונות הנטורופתיה הן: ראשית, לא לגרום נזק; לטפל באדם כמכלול; לרתום את כוחות הריפוי של הטבע לטיפול; לזהות ולהתייחס למקור הבעיה; להתייחס לתפקיד הד"ר כמורה ולהתמקד ברפואה מונעת.
המטפל הנטורופתי מתמקד בהקניית כלים למטופל למימוש בריאותו המיטבית, דרך חינוך לאורח חיים בריא. בניגוד לביקור הממוצע אצל רופא המשפחה, נטורופת ישקיע זמן רב לבדיקת מצבו הבריאותי של המטופל, ההיסטוריה הרפואית שלו, רמות הלחץ ביומיום שלו וסגנון חייו.