פרוביוטיקה הכי ידועה בהשפעה שלה על בריאות המעיים. החיידקים הידידותיים עוזרים לשמור על ההרמוניה במערכת האקולוגית במעיים שלנו. בנוסף, מחקרים הראו כי פרוביוטיקה מועילה לטיפול בשלשולים הנגרמים מנטילת אנטיביוטיקה, כמו גם לעצירות.
חיידקי המעיים ממלאים תפקיד חשוב בחילוף החומרים ומעורבים בתהליכים של עיכול, ייצור ואחסון אנרגיה ואפילו ויסות תיאבון. מחקרים הראו כי כאשר אדם שמן מקבל השתלת צואה של חיידקים "רזים", הוא יורד במשקל ובשומן בגוף - כנראה בזכות האופן שבו חיידקים עוזרים לנו לפרק מזון.
יש לנו חיידקים על העור ולא רק בגוף או במעיים. השפעת הפרוביוטיקה על העור עשויה להיות מועילה כנגד אקזמה, אקנה, נזקי עור ועוד. לצורך כך ניתן להשתמש בפרוביוטיקה בנטילה אוראלית או במריחה.
חיידקים טובים במעיים מסוגלים לייצר מוליכים עצביים המייצבים מצב רוח, כמו סרוטונין ודופמין. במחקר אחד התברר כי כאשר הוצגו לנשים תמונות של פרצופים זועמים, אלו שאכלו יוגורט פרוביוטיקה פעמיים ביום במשך ארבעה שבועות היו רגועות יותר בהשוואה למי שלא אכלו את היוגורט.
סקירה של למעלה מ -30 ניסויים קליניים מצאה כי נטילת תוספי פרוביוטיקה יכולה להשפיע באופן משמעותי וחיובי על רמות הכולסטרול הכלליות. כמו כן, לפרוביוטיקה יש יתרונות גם ללחץ הדם: צריכת פרוביוטיקה יכולה להועיל ללחץ הדם באופן זהה לאכילת דיאטה דלת מלח.